Tengo un servidor Centos 6.x actualizado a los últimos updates, en el tengo un Apache configurado que funciona a las mil marabillas y en uno de mis sitios que tengo como un Alias tengo configurado el .htaccess que funciona bien. Quiero saber si en algún log Apache registra las autenticaciones que se hacen? Sino existe alguna forma de registrar estas?

Saludos,
David

Se almacenan en el access_log, al igual que cualquier otra actividad, que corresponda al dominio virtual utilizado. Si tienes instalado webalizer, podrás ver lo accesos en el reporte diario.