Buenas,
me parece correcto hacer una aclaración sobre las clases definidas en tcclasses, todo este manejo de colas y prioridades se realiza siempre sobre el outgoing traffic de la interfaz definida.
Si bien es lo deseado generalmente en un entorno de servidor atendiendo a clientes, algún usuario final que lea este claro how-to podría pensar erróneamente que esta aplicando QoS sobre el inbound traffic (trafico que ingresa de Internet) y no es así.

Excelente link para entender un poco el operar: http://shorewall.net/traffic_shaping.htm

Particularmente en este link pueden ver un ejemplo de como hacer QoS del tráfico entrante: http://shorewall.net/traffic_shaping.htm#Downloads

En cuanto a la duda, tengo un FW con shorewall en un escenario bastante complejo con 3 ISPs y unas cuantas LANs internas, por esto estoy usando el mark para guiar el tráfico (tcrules). ¿Estas marks de QoS no generaría conflictos con las marks que empleo para el policy routing? ya que habría matcheo de ambas en muchos casos.