Tienes una tarjeta gráfica que no es muy compatible con los efectos en 3D bajo Linux y tu Compiz no funciona para nada bién y quieres activar cuando menos las sombras o las transparencias de tu Gnome sin tener que usar Compiz, pues te comento que hay una alternativa para habilitar algunos efectos como estos que te menciono sin necesidad de aceleración gráfica y lo mejor de todo es que no hay la necesidad de instalar ningún programa adicional en tu distribución.
Esta alternativa no es otra que la ya muy conocida por todos los que usamos Gnome y se llama Metacity, si este gestor de ventanas por defecto en cualquier distribución que use dicho escritorio que menciono el cual posee una capacidad para mostrar algunos efectos en las ventanas parecida a la de Compiz, pero eso si es un hecho que no tan potente como Compiz ya que es mucho más simple.

Y te preguntaras que tengo que hacer para activar estos efectos, pues solo hay que segi los siguientes pasos:

Abrimos el editor de configuración de Gnome (Alt+F2: gconf-editor).
En el menú del lado izquierdo seleccionamos apps/metacity/general
Activamos compositing-manager.

Y esto es todo, un consejo que te menciono para que veas asi de entrada el primer cambio es antes de activar el compositing-manager, sube y baja el volumen de tu tarjeta de sonido con tu teclado multimedia y ve el gráfico que te aparece al estar subiendo y bajando el volumen, al igual que te cambies de ventanas con las teclas Alt+Tab y despues de que actives el compositing-manager vuelve a realizar estas pruebas y ve la diferencia, ya despues poco a poco seguiras viendo y encontrando los cambios que realiza el simple hecho de activar dicha opción en el editor de configuración de Gnome.